Cápsula informativa 2020.05.30

Excedente de mortalidad general en Puerto Rico: marzo - abril 2020

Counts of deaths in the most recent weeks were compared with historical trends (from 2013 to present) to determine whether the number of deaths in recent weeks was significantly higher than expected, using Farrington surveillance algorithms. The ‘surveillance’ package in R was used to implement the Farrington algorithms, which use overdispersed Poisson generalized linear models with spline terms to model trends in counts, accounting for seasonality.


Weekly counts of deaths from all causes were examined, including deaths due to COVID-19. As many deaths due to COVID-19 may be assigned to other causes of deaths (for example, if COVID-19 was not mentioned on the death certificate as a suspected cause of death), tracking all-cause mortality can provide information about whether an excess number of deaths is observed, even when COVID-19 mortality may be undercounted.


These estimates can also provide information about deaths that may be indirectly related to COVID-19. For example, if deaths due to other causes may increase as a result of health care shortages due to COVID-19. Additionally, deaths from all causes excluding COVID-19 were also estimated. These counts excluded deaths with U07.1 as an underlying or multiple cause of death.


Comparing these two sets of estimates — excess deaths with and without COVID-19 — can provide insight about how many excess deaths are identified as due to COVID-19, and how many excess deaths are due to other causes of death. These deaths could represent misclassified COVID-19 deaths, or potentially could be indirectly related to COVID-19. Additionally, death certificates are often initially submitted without a cause of death, and then updated when cause of death information becomes available. It may be the case that some excess deaths that are not attributed directly to COVID-19 will be updated in coming weeks with cause-of-death information that includes COVID-19. These analyses will be updated periodically, and the numbers presented will change as more data are received.


To account for potential underreporting in the most recent weeks, counts were weighted by the inverse of completeness. Completeness was estimated as follows. Using provisional data from 2018-2019, weekly provisional counts were compared to final data (with final data for 2019 approximated by the data available as of April, 9, 2020), at various lag times (e.g., 1 week following the death, 2 weeks, 3 weeks, up to 26 weeks) by reporting jurisdiction.


Weights in the first few weeks following the date of death were highly inflated and variable for some jurisdictions with relatively small numbers of deaths and where completeness of provisional data is typically very low (0–2%) in the first few weeks following the date of death. These jurisdictions include: Alaska, Connecticut, Louisiana, North Carolina, Ohio, Puerto Rico, Rhode Island, and West Virginia. To avoid highly inflated estimates in these jurisdictions, weights were trimmed at the 90th percentile for weeks reported with shorter lag times (e.g., 1–6 weeks).


Fuente: https://www.cdc.gov/nchs/nvss/vsrr/covid19/excess_deaths.htm

Muertes por COVID-19 Acumuladas, Informadas por el Departamento de Salud, según la fecha de muerte (n=140)

Fuente: https://estadisticas.pr/en/covid-19 [IEPR]


Para el 18 de abril se habían reportado 78 muertes por COVID-19 en PR (Fuente: IEPR).


Del 15 de marzo al 18 de abril (5 semanas), el sistema de vigilancia del CDC para estimar el excedente de muertes reportó 562 muertes sobre el promedio esperado (213 muertes sobre el limite superior del valor esperado).


21 marzo: 657-567 = 90

28 marzo: 689- 561 =128

04 abril: 641-551 = 90

11 abril: 724-543 =181

18 abril: 612-539 = 73

Esta actualización confirma las impresiones preliminares vertidas en la cápsula informativa anterior que aquí reiteramos y matizamos: «Cualquier análisis preliminar de defunciones prevenibles debido a COVID-19 se debe contextualizar en el marco de al menos dos consideraciones. Primero, en ausencia de una fase de contención, PR pasó directamente a una fase de mitigación que ciertamente previno cientos, si no miles, de muertes por COVID-19. Segundo, en PR ocurren cerca de 2,400 muertes mensuales por todas las causas[JB: este es el estimado que se actualiza por el sistema de vigilancia del CDC]

Fuente: Informe anual Defunciones 2016

Fuente: Dashboard DS [15 mayo 2020]

«El aparente aumento de mortalidad general reportado en marzo del 2020 merece estudio y análisis (las defunciones del mes de abril todavía están incompletamente reportadas, [JB: este es otro estimado que se actualiza por el sistema de vigilancia del CDC] particularmente en el contexto de un descenso en la población por las recientes olas de emigración.


Posibles causas del exceso en mortalidad podrían ser un subregistro de las defunciones asociadas a COVID-19 y/o un aumento en mortalidad asociada a otras causas debido a la interrupción de servicios médicos ambulatorios (por cierres de oficinas médicas) y hospitalarios (por temor de asistir a los hospitales) necesarios para atender otras condiciones de salud, agudas y crónicas. Como sea, la contribución del aparente exceso de mortalidad es relativamente baja y debe también dirigir la debida atención a las otras causas de muertes en PR con potencial de prevención, tal como el cancer, las enfermedades cardiovasculares, la diabetes, los homicidios y los suicidios.»


Los datos de laboratorio depurados, interpretados correctamente (atención: por fecha de toma de muestra y no por fecha de reporte), nos permiten estimar la curva epidémica de COVID-19 en la isla (manuscrito en preparación sometido para publicación académica en colaboración con las escuelas graduadas de salud pública del RCM/UPR y Emory). Esto es ahora posible gracias al esfuerzo y dedicación del equipo dirigido por el Dr. Miguel Valencia en el Departamento de Salud.


La curva de mortalidad, junto a los datos hospitalarios, son otros datos, aunque rezagados, para tomarle el pulso a la pandemia COVID-19 en PR. Mientras se siga reportando un promedio de 2-3 muertes diarias, eso sería indicio de transmisión, controlada pero constante, en la comunidad. El potencial de un repunte existe, haciendo necesario reforzar el triángulo protector de los tres muros de contención para controlar la pandemia mientras paulatinamente se reabre al país.


Reiteramos que no es momento de bajar la guardia, particularmente cuando las estadísticas hospitalarias comienzan a arrojar posibles indicios de repunte.


Fuente: Puerto Rico COVID-19 Dashboard


Continuar implementando el modelo de Villalba en otros municipios, gracias al liderazgo de la epidemióloga Fabiola Cruz, integrado a las operaciones regionales y centrales del Departamento de Salud, es un significativo paso en la dirección correcta. -Editor [revisado y publicado 2020.06.06]


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Estadísticas vitales de la pandemia COVID-19


Editor in Chief:


José Becerra, MD, MPH, FACPM

Atlanta, GA & San Juan, Puerto Rico


Retired Centers for Disease Control Medical Epidemiologist


Adjunct Associate Professor of Epidemiology and Biostatistics

University of Puerto Rico - Medical Sciences Campus

Graduate School of Public Health

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